Secara historis lahirnya Fakultas Ushuluddin, Adab dan Dakwah (FUAD) Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Pekalongan, merupakan perguruan tinggi agama Islam yang cikal bakalnya berasal dari Fakultas Syari’ah Bumiayu yang berdiri pada tahun 1968, kemudian dinegerikan pada Tahun 1970 dan menjadi salah satu fakultas cabang dari IAIN Walisongo Semarang. Seiring dengan perkembangan kebijakan di lingkungan Kementerian Agama, maka pada pidato HAB Depag, 3 Januari 1997, Menteri Agama mengumumkan langkah-langkah penataan pengembangan lembaga tinggi agama Islam di lingkungan IAIN. Langkah kebijakan itu kemudian dituangkan dalam Keputusan Presiden No.11 tahun 1997, tanggal 21 Maret 1997 tentang pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri yang berjumlah 33 Perguruan Tinggi di seluruh Indonesia, termasuk STAIN Pekalongan. Pada saat perubahan status menjadi STAIN ini lah dibuka Jurusan Ushuluddin dan Dakwah.
Selanjutnya, tanggal 1 Agustus 2016 STAIN Pekalongan dikukuhkan perubahan statusnya menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Pekalongan melalui Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 73 Tahun 2016. Setelah alih status ini yang semula sebagai jurusan, berubah menjadi fakultas, dan lahirlah Fakultas Ushuluddin, Adab dan Dakwah (FUAD), yang merupakan gabungan dari tiga fakultas. Penggabungan tersebut mempertimbangkan keterbatasan SDM dan sarana prasarana yang diiliki IAIN.
Dengan demikian, dari lahir sampai perkembangannya saat ini menjadi Fakultas Ushuluddin, Adab dan Dakwah (FUAD) IAIN Pekalongan dilatarbelakangi oleh semangat agar lembaga ini terus berkembang dan maju dalam memenuhi kebutuhan masyarakat se-eks-Karesidenan Pekalongan dan sekitarnya, maka ke depan Fakultas Ushuluddin, Adab dan Dakwah (FUAD) IAIN Pekalongan diharapkan mampu berkembang menjadi fakultas masing-masing yang mandiri.
